Kandungan
Jenis-jenis bakteria utama secara tradisinya diklasifikasikan oleh ciri-ciri fizikal atau reaksi kepada pelbagai jenis pewarnaan. Kemunculan genetik molekul telah membolehkan pembahagian lebih banyak kumpulan-kumpulan bakteria yang lebih berhati-hati. Ramai saintis percaya bahawa klasifikasi bakteria yang lama harus dibahagikan kepada dua atau lebih kerajaan.
Kerajaan
Klasifikasi tertinggi makhluk hidup adalah kerajaan. Bakteria pernah diklasifikasikan dalam satu kerajaan yang dikenali sebagai Protista, tetapi ramai saintis berpendapat bahawa kerajaan lama harus dibahagikan kepada dua kerajaan berdasarkan bukti genetik molekul. Kerajaan-kerajaan baru akan menjadi bakteria sejati, Eubacteria, dan bakteria purba, Archaebacteria, yang kini bertahan dalam persekitaran yang melampau. Sesetengah mencadangkan pembahagian filogenetik baru yang dikenali sebagai domain atau superkingdoms, kerana Archaebacteria sangat berbeza, mereka boleh dibahagikan kepada tiga kerajaan mereka sendiri: Crenarchaeota, bakteria termofilik; Euryarchaeota, bakteria halofilik dan metanogenik; dan Korarchaeota, yang terdapat di mata air panas.
Phylum
Untuk bakteria selain daripada Archaebacteria, terdapat lima phylum yang berbeza, cawangan seterusnya sehingga pokok phylogenetic. Proteobakteria adalah simbiotik dengan tumbuh-tumbuhan dan membantu mereka memperbaiki nitrogen dari atmosfera. Cyanobacteria dikenali sebagai bakteria biru-hijau. Eubacteria adalah bakteria Gram positif yang diklasifikasikan secara tradisinya dan mempunyai dinding sel yang mempunyai lapisan berlainan daripada bakteria lain. Spirochetes tumbuh dalam koloni spiral. Chlamydiae adalah parasit intrasel.
Klasifikasi Tradisional
Bakteria boleh digambarkan sebagai patogenik (penyebab penyakit) atau tidak patogenik. Mereka juga boleh digambarkan sebagai Gram-positif atau Gram-negatif. Ini merujuk kepada sama ada mereka menyerap pewarna oleh Gram pewarnaan atau tidak. Bakteria gram-positif tidak mempunyai membran sel luar, dan peptidoglikans membiarkannya menjadi berwarna violet kristal. Bakteria gram-negatif mempunyai membran sel luar tetapi kekurangan peptidoglikans, menghalangnya daripada menjadi berwarna.