Kandungan
Elektroforesis gel adalah satu teknik yang membolehkan DNA dianalisis pada tahap molekul konstituennya. Dalam kaedah visualisasi DNA ini, sampel diletakkan pada medium gel agarose dan medan elektrik digunakan pada gel. Ini menyebabkan serpihan DNA berpindah melalui gel pada kadar yang berbeza mengikut sifat elektrokimia mereka.
Ethidium Bromide
Untuk teknik visualisasi ini, etidium bromida dicampur dengan serbuk agarose, penyangga EDTA dan air untuk membentuk matriks gel sebelum elektroforesis. Akibatnya, molekul bromida etidium menjadi seragam tersebar di seluruh matriks. Apabila sirap gel telah diisi dengan sampel DNA masing-masing dan pengesan pewarna, voltan digunakan untuk perlahan-lahan melukis sebatian polar besar di seluruh matriks.
Semasa pergerakan ini, pangkalan molekul DNA secara sementara mengikat zarah-zarah berkat pertimbangan etidium bromida, menyeretnya. Dengan elektroforesis gel masa yang lengkap, setiap molekul DNA telah meningkat pada jumlah yang besar dari etidium bromida.
Di hadapan cahaya ultraviolet, pameran bromida etidium mempamerkan pendarfluor. Juruteknik bersinar cahaya UV khusus yang dikalibrasi di seluruh gel semasa mesin menangkap gambar serpihan yang bersinar.
Methylene Blue
Sekiranya transilluminator UV tidak tersedia atau praktikal, juruteknik boleh menyebabkan DNA kelihatan di bawah keadaan normal dengan merendam gel agarose siap, dengan DNA elektroforesis di dalam, dalam penyelesaian metilena biru dalam sekelip mata.
Garam klorida dengan anion hidrofobik yang ketara, molekul biru metilena menembusi seluruh matriks gel. Walau bagaimanapun, ikatan hidrogen sepanjang DNA menyebabkan molekul noda dapat dikumpulkan. Ini meningkatkan kepadatan noda DNA menghasilkan naungan yang lebih dalam biru, kelihatan dengan mata kasar.
Pewarna Penjejakan
Di luar ukuran relatif band DNA, juruteknik dapat mengukur ukuran mutlak (dalam pasangan dasar) setiap serpihan menggunakan bahan kimia yang disebut pewarna pengesanan. Dapat dilihat tanpa penambahan biru metilena atau bromida etidium, mengesan pewarna seperti bromophenol blue dan xylene cyanol bergerak melintasi matriks gel aragosa semasa elektroforesis pada kelajuan yang sama dengan serpihan DNA yang terdiri daripada 300 nukleotida dan 4,000 nukleotida, masing-masing. Dalam elektroforesis, serpihan DNA yang lebih besar melintasi matriks gel pada kelajuan lebih perlahan daripada serpihan yang lebih kecil. Oleh itu, semasa mengesan pewarna tidak secara langsung mempengaruhi penglihatan serpihan DNA, membandingkan kedudukan serpihan DNA dalam gel ke kedudukan pewarna ini membolehkan juruteknik "melihat" bilangan nukleotida anggaran fragmen DNA yang terkandung.