Struktur molekul sangat penting kerana ini memberikan maklumat bagaimana molekul akan berinteraksi dengan sebatian lain. Bentuknya menentukan titik beku sebatian, titik didih, volatiliti, keadaan keadaan, ketegangan permukaan, kelikatan dan banyak lagi. Lebih mudah untuk memahami struktur sebatian dengan melihatnya dalam model 3D. Ikatan yang berbeza mempunyai sudut yang berbeza dan unsur-unsur yang berbeza di dalam sebatian diwakili oleh warna yang berbeza. Lebih banyak unsur dan ikatan di sebatian semakin maju dan rumit geometri struktur kompaun.
Lukiskan struktur molekul yang dipilih dengan menggunakan struktur titik Lewis. Struktur titik titik Lewis menunjukkan unsur-unsur utama, bilangan elektron valens dan sebatian apa yang terikat kepada sebatian pusat.
Tentukan sudut yang diperlukan di sekitar setiap sebatian utama. Kompaun yang mempunyai empat ikatan akan mempunyai ikatan 109.5 darjah dalam susunan tetrahedral. Tiga ikatan dalam susunan planar trigonal dipisahkan dengan 120 darjah. Dua ikatan dari sebatian utama adalah dalam susunan linier dan dipisahkan oleh 180 darjah.
Cat bola Styrofoam dengan warna yang sesuai. Bola styrofoam untuk karbon akan menjadi warna yang sama, bola Styrofoam oksigen akan menjadi warna dan bola hidrogen yang lain warna tambahan. Unsur-unsur yang lebih berlainan di dalam kompaun semakin banyak warna yang diperlukan.
Sambung bola dengan tongkat Popsicle atau pembersih paip. Gunakan sudut ikatan sebatian untuk mendapatkan struktur yang betul. Bon tunggal memerlukan satu pembersih paip, dua bon dua pembersih paip dan tiga tiga pembersih paip. Untuk sambungan kukuh meletakkan gam di hujung pembersih paip sebelum memasukkannya ke dalam bola Styrofoam.